Księgowość dla lekarzy i fizjoterapeutów: co warto wiedzieć?

Otwarcie własnej praktyki lekarskiej to moment, w którym obok spraw medycznych trzeba zająć się rozliczeniami. Forma opodatkowania, zwolnienie z VAT i kasa fiskalna potrafią pochłonąć więcej uwagi niż sama organizacja gabinetu.

Jaką formę opodatkowania wybierają lekarze i fizjoterapeuci?

Usługi w zakresie opieki zdrowotnej mieszczą się w dziale 86 PKWiU, co pozwala rozliczać je ryczałtem od przychodów ewidencjonowanych według stawki 14%. Podatek liczy się wtedy od przychodu, bez odliczania kosztów. Fizjoterapeuta inwestujący w sprzęt może więc wyjść lepiej na skali podatkowej albo podatku liniowym.

Wybór zależy od poziomu kosztów, planowanych inwestycji i sytuacji rodzinnej. Rachunek najlepiej zrobić z księgowym, a osobną ofertę dla zawodów medycznych ma między innymi Przyjazne Biuro Rachunkowe, Kraków-Krowodrza, które obsługuje mikro, małe i średnie firmy.

W praktyce decyzja sprowadza się do trzech wariantów:

• Ryczałt zapewnia najprostszą ewidencję i przewidywalną kwotę podatku, ale nie pozwala rozliczać kosztów.
• Skala podatkowa daje prawo do kwoty wolnej i wspólnego rozliczenia z małżonkiem, choć po przekroczeniu progu stawka rośnie do 32%.
• Podatek liniowy oznacza stałe 19% niezależnie od dochodu i bywa opłacalny przy dużych kontraktach.

Formę opodatkowania deklaruje się przy zakładaniu działalności, a zmienić ją można w kolejnym roku.

Czy usługi medyczne są zwolnione z VAT?

Świadczenia służące profilaktyce, zachowaniu, ratowaniu, przywracaniu i poprawie zdrowia korzystają ze zwolnienia przedmiotowego z VAT. Prawo do niego mają nie tylko lekarze i dentyści, ale też fizjoterapeuci posiadający kwalifikacje do wykonywania zawodu medycznego. Sytuacja komplikuje się przy zabiegach bez celu terapeutycznego, bo część usług medycyny estetycznej jest opodatkowana. Gabinet łączący oba rodzaje działalności musi rozdzielać sprzedaż w ewidencji.

Kiedy w gabinecie potrzebna jest kasa fiskalna?

Odpowiedź zależy od wykonywanego zawodu. Lekarze i dentyści objęci są bezwzględnym obowiązkiem ewidencjonowania sprzedaży na rzecz osób prywatnych, bez limitu obrotu. Paragon trzeba wystawić już od pierwszej wizyty.

Fizjoterapeuci korzystają natomiast ze zwolnienia do 20 000 zł rocznej sprzedaży dla osób fizycznych. Kto przekroczy tę kwotę, ma dwa miesiące na wdrożenie kasy online, liczone od końca miesiąca, w którym to nastąpiło. Zasady ewidencji opisuje informator opublikowany pod adresem https://www.podatki.gov.pl/poradniki-i-informatory, razem z poradnikami o VAT i zakładaniu firmy.

Co zmienia KSeF w rozliczeniach gabinetu?

Krajowy System e-Faktur objął większość przedsiębiorców od 1 kwietnia 2026 roku, a najmniejsze firmy dołączą do niego w 2027 roku, o ile ich miesięczna sprzedaż z faktur nie przekracza 10 000 zł brutto. Obowiązek odbierania faktur działa jednak od lutego 2026 roku i dotyczy wszystkich.

W gabinecie liczy się rozróżnienie odbiorców. Rozliczenia ze szpitalem czy przychodnią to transakcje między firmami i trafiają do KSeF, natomiast faktury dla pacjentów prywatnych mogą pozostać poza systemem. Obowiązek stosowania kasy przy tym nie znika, bo e-faktura nie zastępuje paragonu.

Na co zwrócić uwagę przy wyborze biura rachunkowego?

Przy kilku dokumentach miesięcznie ewidencję da się prowadzić samodzielnie, ale koszt pomyłki bywa wysoki. Źle dobrana stawka ryczałtu albo błędne rozdzielenie sprzedaży zwolnionej i opodatkowanej kończą się korektami oraz odsetkami, dlatego do wyboru biura lepiej podejść uważnie.

Zanim podpiszesz umowę, zapytaj księgowego o doświadczenie w obsłudze gabinetów, o dostęp do faktur w KSeF i o zakres usług w cenie abonamentu. Odpowiedzi powiedzą o biurze więcej niż sam cennik.